用生物方法來處理景觀水是最科學的,但也是最復雜的。簡單的說，就是模擬生態系統的結構，對食物鏈中的生物進行合理配置，從而使食物鏈中各個生物之間能相輔相成, 使整個生態系統越來越穩定,最終達到凈化水質的目的。一個完整的生態系統必須要有穩定的生產者、消費者、分解者。用生物方法來處理景觀水體，就是模擬自然界中生產者、消費者、分解者的比例。水生植物就是景觀水體當中的生產者，水生動物就是景觀水體當中的消費者，微生物就是分解者。在實際運用當中，會結合項目本身需求，輔助搭配一些物理技術，以求更好的進行景觀水處理。用生物方法來處理景觀水會涉及到很多學科,像水生生物學、微生物學、水域生態學、水產養殖學等等重點學科，如何科學得將各學科運用到景觀水處理當中，已成為景觀水處理設計規劃師的參照標準。

運用生物方法來處理景觀水的優點是:適用范圍廣，大小面積水體都可以運用，系統穩定，無需更換，耗電量低，長期保持清澈，真正實現可持續發展，符合十八大建設生態家園的精神;缺點是工程復雜，技術性強，難度較高，需要專業隊伍來打造。

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